SquirrelMail 1.4.11と 1.4.12に何があったのか調べてみたんですが、私の手元にあるファイルからは何も出てきませんでした。

メンテナのアカウントが乗っ取られ、おそらくはダウンロード用のアーカイブだけが一時的に改ざんされていたんだと思います。

1.4.12に続き、1.4.11にも改ざんが発見されたため、混乱を避けるために1.4.13のリリースになったんですね。