M/BのIDEのデバイス名と拡張IDEカードのデバイス名が電源を入れたときとリブートした時で/dev/hda <-> /dev/hdeが入れ替わるということが発生していました。

fdiskで見えるデバイスが違っていたりという妙な現象になっていました。

/etc//initramfs-tools/modulesにM/B上のチップのドライバを、以下のように書いておきます。ここではPIIX用のドライバを先に読み込ませる。

# List of modules that you want to include in your initramfs.
#
# Syntax: module_name [args ...]
#
# You must run update-initramfs(8) to effect this change.
#
# Examples:
#
# raid1
# sd_mod
piix


その後initrd.imgを更新させるために以下のコマンドを実行する。

update-initramfs -u -k all


を実行し、リブートすると、そのドライバが必ず先に読み込まれてこの現象は修正されるようです。